Odpověď je třeba hledat v původní otázce - proč máš problém v malém městě najít práci na Javu a nabídky jsou hlavně na C# ? Protože v C# se dělají malé hračky.
Takže odpověz si sám - chceš skončit jako desktop developer nebo big cloud systems developer?
Polovina věcí, která zde byla prezentována jako výhoda C# by mohla být klidně brána jako nevýhoda.
IMHO měl dotnet náskok, co se týče desktopu, ale s JavaFX se situace změnila. Za druhé, koho dneska zajímá desktop, že - zase je to o tom, jakou práci bys chtěl dělat.
Používám aktivně obě technologie a hlavní rozdíl, který tam vidím, je výrazně horší čitelnost v C#. V zásadě všechny ty věci, které umožní napsat o něco méně kódu (using namespace místo import class, extension methods, var místo typu - tam má bohužel Java už taky tendence) se při čtení kódu obrátí proti autorovi. A základní pravidlo říká, že kód, který je jednou napsán, bude tisíckrát přečten.
Za druhé bych zmínil nestandardní řešení pro běžné problémy. Například tam kde Java, Gtk, Qt používá css pro témata, používá C# vlastní WPF definice. Navíc nekonsistence naming convention s frontend technologiemi (javascript) může taky práci komplikovat, pokud sdíliš část kódu mezi klientem a serverem.
V zásadě vzato, pokud člověk zůstává v dotnet světě, tak jak jej nadefinoval Microsoft, tak je do jisté velikosti projektu relativně snesitelné. Pokud začne používat third party produkty, které by navíc v plné míře využívaly výše uvedených vlastností C#, tak vítej v pekle.