Řekl bych, že ten rozdíl, který pozorujete, je daný tím, že C# pozic je méně, tím pádem je i C# programátorů méně - a tudíž je musí firmy víc shánět, zatímco na Javu se jim okamžitě přihlásí spousta lidí. Jenže v té Javě je nakonec spousta možností, takže po nějakém javovském specialistovi bude stejná sháňka, jako po programátorovi v C#. Akorát to možná firmy nebudou inzerovat stejným způsobem, jako u toho C#, protože by se jim přihlásila spousta studentů, kteří měli Javu 1 semestr.
Jinak pojídač koláčů samozřejmě může programovat v libovolném jazyce a nebude v tom rozdíl (vždycky to bude, jako by to programoval v Cobolu :-) ). Dobrý programátor ale bude vědět, třeba jak funguje jeho C kompilátor a procesory jeho architektury, nebo jak funguje JVM, nebo jak funguje Dalvik a čím se liší různá Android prostředí, nebo jak funguje Swing, nebo jak funguje nějaký aplikační server, atd. atd. Pokud se dostane mimo to své prostředí (kterým není jen jazyk, ten to dělí jen na velmi hrubé úrovni), samozřejmě mu ty jeho znalosti budou k ničemu. Takže sice nebude psát úplně blbý kód, ale nebude to stejně špičkový kód, jako když je v té své oblasti. Na druhou stranu, i ten záběr špičkového programátora bývá široký a různorodý, takže se snadno může stát, že dostane úplně jiný úkol, a odvede stejně špičkový výkon - protože se nedostal mimo oblast toho, co perfektně umí, jenom se v ní přesunul na jiné místo.
Nebo se na to můžete podívat jinak. Tím, že je C# pozic méně, je vlastně určitou specializací už ten jazyk - a trochu se očekává, že programátor v C# bude umět "všechno", takže nejspíš nebudete mít možnost jít tak do hloubky. Na druhou stranu, když o sobě píšete jako o "Java programátorovi", ani v té Javě nejspíš nejste nijak specializován a přechod k C# pro vás žádná ztráta nebude. Naopak určitě bude v životopisu dobře vypadat, že máte reálné zkušenosti s oběma světy, protože spousta firem si řekne "teď nabíráme na pozici Java programátora, ale až tenhle projekt skončí a vyhrajeme tamten C# projekt, budeme ho tam moci přesunout".