Dobrý den,
situace, kterou popisujete, není častá, ale stává se. Jedna z mých firem se zabývá účetnictvím, takže popíšu, co vidím já.
Účetní firma může doklady přijímat formou importu do software. Dobrá účetní však vždy chce vidět primární doklad - ideálně na papíře, nebo v PDF. Někdy doklady kontroluje namátkově, jindy jeden po druhém. Jde o to, jestli jsou doklady opravdu jak přes kopírák, nebo jestli se "trochu" liší. V tom není nedůvěra v automatické procesy na Vaší straně, ale je to stupeň kontroly informací. Zákony se mění jak na běžícím pásu, a např. přeřazování DPH do reverse charge se mění jak zákonem, tak výkladem i několikrát do roka. Hlídat je potřeba také přeshraniční obchody, jak kvůli DPH, tak i kvůli autorským dílům. Část autorských děl se daní srážkovou daní - a ta přísluší buďto do země 1, nebo do země 2. (O tom, co je autorským počinem, je potřeba rozhodovat opět volně - např. překlad dokumentu může být, či nemusí - pokud se to víc blíží k tlumočení, pak není, pokud víc k autorskému překladu, tak je...). Pokud obchodujete přes hranice, pak ještě MOSS. Kvůli kontrolnímu hlášení musí mít doklady > 10k po jednom, uvažuje se o tom, že to bude platit i pro "malé" doklady, jako je tomu na Slovensku.
Pak je zde otázka odpovědnosti. Správná účetní firma vnímá svoji přímou odpovědnost za práci (m.j. § 2950 OZ). Pokud máte interního zaměstnance, tak ten tuto odpovědnost nenese a maximálně ručí do násobku své čisté mzdy. Externí firma má ručení prakticky neomezené. Samotný pracovník, ať už interní, nebo externí, musí hlídat, aby se, byť z nedbalosti, nezapletl do případných podvodů na daňovém poli. Takže opět: účetní, která nic neřeší, a spoléhá se jen na Vaše sjetiny, nedělá svoji práci tak, jak by měla.
Ideální průběh je, aby účetní firma používala účetní software. To kvůli legislativě, protože kromě školení, kterými musí účetní projít během roku několikrát, je to další pojistka na zajištění zákonnosti; není to všespásné, ale aspoň doklady, odpisy a saldo Vám budou sedět.
Samotné doklady, i když je to k nevíře, je potřeba držet na papíře. Správci daně nejsou na digitální připraveni, a když ano, tak Vás vydusí na neprůkaznosti vzniku "originálu". Sice všichni víme, že papír není průkazný o nic víc, ale tato iracionalita v rozhodování zatím zůstává. Ne každý je pak ochotný digitální doklady opatřovat kvalifikovaným časovým razítkem a každých X let je přerazítkovávat kvůli zachování platnosti. Papír nic z toho nemá, ale úřadům to stačí.
Na okraj ještě upozorním na nemilou povinnost pustit správce daně k technickému zařízení, na kterém se doklady zpracovávají - to je další důvod, proč není úplně dobré mít vše jen v řetězci digitálních dat.
Takže souhrnně, ano, taková spolupráce se dá navázat. Finančně se vyplatí spíš až ve větším, protože v menším tu výhodu automatizace přebijejí "ochranné" procesy, a samozřejmě strach zodpovědných, ale ne IT-vzdělaných účetních firem pouštět se do takové práce.
Daně jsou pak už navazující, ale nezávislá činnost. Z účetnictví se pro daně vychází, ale do daňového přiznání se dělají zákonné úpravy základu daně. To je jeden z dalších mýtů, se kterým se setkávám v praxi, že si zákazníci myslí, že z účetnictví se dají rovnou udělat daně. To jde v případě mrňavých firem, ale spíš jen živnostníků. V případě obchodních korporací (s. r. o. a výš) to už prakticky nejde.