Je lepsi zasifrovat cely oddil (hda1), nebo si vytvorit na hda1 napr. ext3 a na nem teprve sifrovany soubor opet s ext3?
Obecně bych téměř vždy doporučoval souborové kontejnery před šifrovanými partitionami nebo zařízeními. Velkou výhodou souborů totiž je, že je lze docela dobře chránit před neúmyslným poškozením (K souboru kompletně zruším právo pro mazání i pro zápis, zápis pak povolím jedině šifrovacímu ovladači - pak můžu normálně zapisovat do připojeného disku, ale samotný kontejner jen tak nějakým opomenutím nezničím. Srovnej s tím, že Windows minimálně od sedmičky výše mají tendenci do "neinicializovaných" disků zapisovat [někdy s dotazem, někdy bez - třeba při instalaci]...). To už bys musel mít extra důvod, proč šifrovat zařízení nebo partitions - např. požadavek na plausible deniability.
Jakou sifru a sifrovaci mod je nejlepsi/nejbezpecnejsi pouzit?
Pokud použiješ TrueCrypt, tak je to jedno.
Pokud použiješ něco jiného, tak určitě režim XTS a šifru buď jednu z těch v TrueCryptu (AES/Rijndael, Twofish, Serpent) nebo eventuelně ještě možná RC6. Pokud jsi optimistický nebo věřící paranoik, tak v kaskádě (musíš doufat/věřit, že v té kaskádě nedochází k nežádoucím interakcím, které by snižovaly sílu šifry; pokud vím, žádný výzkum na toto téma zatím nebyl publikován.)