Hlavně tu školu vybírejte pragmaticky. Je nesmysl se rozhodovat podle toho, jestli "by se jako mělo té škole říkat univerzita nebo je to 'jenom' vysoká škola". Já sám jsem z UK, takže bych tady mohl říkat kydy o prestiži nejstarší univerzity ve střední evropě, ale to je jen takový hipster argument. Podívejte se na osnovy programů, které zvažujete, podívejte se na obsahy přednášek, podívejte se na studentské fórum.
Na matfyzu se třeba klade důraz na matematiku a důkazy, což je mi opět osobně blízké, nicméně pokud se někdo orientuje více na software engineering, tak musím upozornit, že definitivně je možné vychodit softwarový obor na matfyzu a být velice mizerným softwarovým inženýrem.
O VŠB-TUO jsem slyšel, že je to k smíchu (zejména pedagogické schopnosti cvičících), ale byl to mírně jiný obor + jen jeden názor.