Mno, sice nic o te aplikaci nevim, ale SPA Aplikace (v Reactu ci v cemkoliv jinem) funguje tak, ze pri prvnim stazeni se stahne komplet javascript kod cele aplikace, pak uz se klikanim v aplikaci pouze pohybuju v ramci aplikace.
React javascriptem interceptuje kliky na linky, router pak podle prislusneho kliku aktivuje javascriptove komponenty, na server nejdou zadne pozadavky na HTML stranky, maximalne si stranky javascriptem fetchnout REST/JSON data.
Browsovani po srankach vcetne histporie je jenom navenek emulovane.
Jako prvni pokus si otevri konzoli a divej, co se tam deje.
Pri spravne chovani to jednou stahne velky javascript balik, pak obcas sahne na REST data, vlastni prenos HTML neni.
Pokud je to SPA aplikace, samozrejme.
Pak je nesmysl cokoliv ladit na strane serveru a mod+rewrite do toho vnese akorat tak bordel.
Jako prvni pokus bych na jinem stroji tuto aplikaci spustil v default nastaveni (tedy ma ocekavany index.php na svem miste)