Ja pouzivam IntelliJ Idea, ale prevazne se hrabu v Java, Scala nebo node.js. Taky uz jsem stal pred podobnym problemem, kterej ale neprichazi ve chvili tvoreni, to mam vsechno v hlave, ale az kdyz se k tomu mam po par mesicich vratit a treba delat upravy. Pak se ptam, kdo tohle kurva psal :-)))
Ja si na vsechno pisu i minimalisticky knihovny, nebo projekt rozdelim do maven modulu. Kazdopadne celkove mi to pripada, ze si stavim lego kosticky (kdyz jsem byl malej, tak u nas byla cenove dostupna Cheva, tu jsem miloval) a pak z nich nekde slozim vetsi celky, atd. Koncept lega je pri psani kodu uplne stejnej a funguje vytecne.