*buntu (a predpokladam i debian ci mint) pri aktualizaci balicku, pokud narazi na to ze config byl customizovan, zobrazi dotaz neco jako: chcete nechat puvodni, pouzit novy z balicku, zobrazit rozdily... pokud se vybere puvodni, novej se necha s priponou dist-new(?), pokud se pouzije novy, puvodni se necha s priponou dist-old(?) ... s jmenama pripon si nejsem jistej, kazdopadne to je rozumne osetrene, pak jsou samozrejme ty moznosti mit include vlastni soubor v /etc/sluzba.d/ ktere to nedetekuje aktualizace, ale proste zustanou a pouzijou se (v poradi, takze user custom conf pojmenovat s cislem vyssim nez distribucni (byva to v /etc/sluzba.d/README zmineno) pripadne zz-muj.conf atd)
zda konkretne pure-ftpd podporuje /etc/pure-ftp.d si jistej nejsem a rychlej google take nic nenasel...