Gratuluji k vyřešení, a děkuji za zajímavý dotaz.
Přestože teď máte hypervizor už zasynchronizovaný, doporučuji ponechat guestům aktivní pouze jeden způsob synchronizace: w32time, nebo VMware Tools, nebo nějaký další. Pokud necháte aktivní dva nebo více způsobů synchronizace uvnitř jednotlivého guesta, zvyšuje se riziko "zvláštních efektů" (houpání zpětnovazební smyčky dolaďování frekvence apod.)
Mimochodem, ohledně přechodů zimní/letní čas... UNIX jede interně UTC, Windows podle mého taky. Časová zóna a střídání zimního/letního času je za běhu záležitostí prezentace v uživatelském rozhraní (s podporou systému).
Doporučil bych nastavit vindózům ve VM, ať si čas do emulovaného RTC ukládají v UTC (především bez střídání letního a zimního času). Pak by Vám měly odpadnout skokové změny, pokud guest VM změnu času "prospal" ve vypnutém stavu.
Zdá se, že emulovaný RTC (jak ho vidí guest VM) umí uložit aktuální čas guesta - ovšem neukládá ho jako absolutní čas, ale jako offset oproti času hostitele=hypervizoru. Emulovaný RTC proto při vypnutém guestovi nedriftuje, "tiká pořád přesně". Ofset emulovaného RTC lze snad také nastavit explicitně, per guest...
Ohledně chování emulovaného RTC ve VMware najde Google jenom
letité PDFko (kapitola "Virtual CMOS RTC" na str.7). Meinbergové mluví také o VMware knowledge-base záznamu na téma timekeeping - netuším, jestli je to dnes k dispozici jenom po přihlášení / v rámci placeného supportu nebo jak.