Na FI MUNI jsem nestudoval, ale dle toho, co o ní vím je to těžká škola, kde se učí hodně teorie, kde se dělá výzkum a vychovávají výzkumníci a která se bude snažit předat ti široké vědomosti potřebné např. k napsání vlastního operačního systému.
Tyhle věci obecně nejsou vázané na konkrétní operační systém. Ale nepochybně narazíš na mnoho předmětů, kde se pracuje s něčím, co mají zrovna na té katedře naimplementováno v operačním systému X a jazyku Y, kde X klidně může být windows a Y klidně může být C#.
Z tvého příspěvku mám pocit, že ty chceš spíše praktickou školu, ne školu, kde tě budou učit gramatiky a relační počet.
Vysoká škola univerzitního typu je i o překonávání překážek (a je zbytečné řešit tady, jestli je to tak správně, nebo špatně). A pokud ty nejsi schopen či ochoten překonat tak malichernou překážku, jako občasnou práci v OS nebo jazyce od MS, tak bude rozhodně lepší, když se ty a klasická VŠ nebudete vzájemně trápit.