Problém je v tom, že Disky jsou v RAIDU poškozené, tzn system je na jednom disku a domovský adrsář na druhém disku. Nemáme moc odvahu disky synchronizovat, ať nepříjdeme o data nebo se RAID a disky nepoškodí ještě víc....
Tomu moc nerozumím. Jak je systém na jednom disku a home na jiném? Když se RAID rozpadne, tak je degraded, jede z něj pořád všechno, akorát to jede z jednoho disku.
Nebo chceš říct, že se vám RAID rozpadl a vy jste nějak ručně namountovali něco z jednoho a něco z druhého? To by byla teda dost hodně divočina...
Tak super tajné to není... ale zajímalo by mě co byste o železe chtěl vědět? Jinak OS Debian 6,x musel bych se podívat a je tam apache, php, a mysql weby jsou uložené v home a db taky.
No nedodal jsi prakticky žádné informace. Už jenom "RAID" je široký pojem - může to být čistě softwarový RAID, fakeraid na nějaké levné desce, solidní hw RAID za osm tisíc... Podle toho, co píšeš, to bude jedna z těch prvních dvou variant, ale jestli chceš pomoct v takhle krizové situaci, bylo by fajn, kdybys dodal co nejvíc relevantních údajů... Pro začátek bys mohl vysvětlit, jak's to myslel s tím, že něco jede z jednoho disku a něco z druhého... Ideální je neplkat, ale dodat výpis relevantních příkazů - mount, mdadm, dmraid, /proc/mdstat, smartctl...
Vykopírování na nový disk není žádná raketová věda, ale musíš dodat informace.
Teď maličko techniky - SATA (předpokládám, že máte SATA) je plug-n-play
S tím hodně opatrně. Pokud to na konkrétní desce není vyzkoušeno, tak bych se do toho nehrnul. Nevím, jak na Linuxu, ale na FreeBSD mi jeden takový pokus skončil totálním umrtvením jádra, což asi není zrovna situace, do které by se OP chtěl dostat

(nevím, jestli je to vůbec závislé na OS nebo jenom na nastavení BIOSu, jenom vím, že jsem jednou prostě připojil disk s tím, že "SATA je přece hotplug" a totální mrtvo...)
Pokud OP nechce riskovat, řešil bych to nejspíš zhruba touhle cestou: připojit nový disk přes USB, vytvořit nad ním RAID (pokud jde o softraid), nahrát tam data (rsync apod.), zastavit všechny služby, znovu rsync, změnit na tom novém RAIDu konfiguraci bootování, vypnout, přepojit normálně na SATA + přihodit ten druhý disk, zapnout, modlit se, aby ta krávovina jménem GRUB najela a nemusel jsem laděním GRUBu způsobit hodinový výpadek

, druhý disk přidat do RAIDu.