Frameworky řeší spoustu věcí za Tebe - nejvíc je to vidět právě v organizaci kódu (většinou se používá návrhový vzor MVC (
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff649643.aspx ,
http://en.wikipedia.org/wiki/Model%E2%80%93view%E2%80%93controller), ale není to podmínkou) a také v interakci s uživatelem (většinou mají podporu pro validaci formulářů, občas pro jejich automatické generování). Webová aplikace je pak přehlednější a lépe rozšiřitelná, udržovatelná a lépe se Ti bude řešit zabezpečení (což je především u začátečníků velmi podceňováno).
Co se týče návyků, zkus nějaký framework - pro PHP je jich spousta a po internetu se válí spoustu článků na jejich srovnání a výběr. Hodně toho najdeš i zde na fóru - neuplyne týden, aby tu někdo nepoložil podobný dotaz, jako máš Ty ;-) . Každopádně velmi doporučuji se dívat po nějakém FW, který má dobrou dokumentaci a je k němu dostupná literatura (což bohužel není Nette, proto důrazně doporučuji se mu ze začátku vyhnout, byť je to po všech jiných stránkách zajímavý projekt).
Jinak návrhové vzory jsou celkem dobrá věc. Pokud je použiješ, přispěje to k čitelnějšímu kódu a často jej budeš moct použít znovu v jiné části stejného projektu nebo v jiném projektu. Opět je na to spousta literatury.
Co se týče OOP, rozhodně to není o tom vědět, jak v PHP napíšeš třídu. Stejně jako řídit auto není o tom, že víš, že existuje volant, blinkr, pedál a řadící páka. Opět doporučuji kvalitní literaturu (na internetu se jí válí tuny ... dokonce i volně ke stažení), z 10 stránkových tutoriálů na netu se programovat nenaučíš, pokud "začínáš od nuly". Ty tutorialy jsou fajn, pokud již nějaký jazyk a OOP umíš na dobré úrovni, jinak ne, byť jejich autor může tvrdit co chce.