Třeba pro psaní vlastních initscriptů, skriptů pro ramdisk, skriptů pro reakce na udev eventy a podobně. Prostě pro customizaci OS.
Obecně je shell dobrý na prototypování věcí, které se dají jednoduše napsat v příkazové řádce. Pokud potřebuji něco rychle vyzkoušet, pak to napíšu v shellu nebo pythonu a pak, když je třeba optimalizovat, tak to přepíšu do C. Ale většinou to vůbec přepisovat nemusím

Asi hlavní výhoda shellu je, že má pajpy a správu jobů atd. a člověk tak může použít hotové standardní utilitky místo psaní vlastní funkčnosti.
Jinak záměrně píšu shell a ne bash, protože z mé zkušenosti je lepší nepoužívat bashismy. (busybox v ramdisku má třeba jen ash)