Nemyslím si, že 64bitový systém přinese něco lepšího, než 32-bitový, na druhou stranu nevidím důvod, proč ho nepoužít. Problémy s Flashem a Javou už byly vyřešeny, takže u všech běžně používaných aplikací by neměl být problém.
Pokud však hodláte instalovat a používat nějaký proprietární software třetích stran, můžete narazit na problémy, že půjde o 32-bitový build, který bude potřebovat 32-bitové knihovny.