To je fakt prapodivné podle popisu.
Jak už tu bylo zmíněno v předchozím postu, tak tím že jste zkoušel SCP přenosy, tak je téměř vyloučené, že by se data jakkoliv měnila při síťovém přenosu. Jsou tam jak TCP checksumy (takže by se ty pakety případně posílaly znovu), tak nad tím MAC v SSH vrstvě (když by to nesedělo, spojení se rozpadne).
Takže ten problém s největší pravděpodobností nastává při čtení/zápisu souboru z toho serveru a to, co už jde tím síťovým kanálem je nakopnuté.
Nejsou na serveru nějaké podezřelé hlášky v dmesg nebo obecně žurnálu?
I když se vyloučí síťování, může být pořád docela dost elementů, co to může způsobovat. Od disků, přes paměti, CPU, základní desku atp.
Já pokud to jde, tak většinou začínám tím, že pokud to jde, tak celý počítač třeba na minutu vypnu a odpojím od sítě. Už se mi párkrát stalo, že nějaká komponenta prapodivně blblnula (včetně třeba vadného disku, řadiče, desky, dimmu) a po čerstvém startu to slavnostně zheblo úplně, takže se to aspoň dalo vyměnit.
Když se to bude zdát v pohodě, a naběhne to bez chyb, tak integrita zápisů a čtení (přes fs do souboru) se dá docela v pohodě otestovat například programem fio (jsou tam verifikační parametry, různé patterny atp.).
U procesorů a pamětí (mimo memtestu) pořád v případě potřeby používám Prime95, resp. mPrime v CLI verzi. Hodina s torture testem a velkým FFT nebo blendem většinou pomůže odhalit dost problémů.