Wiki systémy považuji pro takové to domácí poznámkování za zbytečně těžkotonážní. Zkoušel jsem to, ale je s tím (IMO) zbytečně moc práce. Ať už údržba (instalace, aktualizace, zálohování), nebo třeba nutnost přepínat mezi view a edit režimem - to v single-user aplikaci většinou potřeba není. A naopak nějaké potenciálně zajímavé věci (jako třeba upomínky s notifikací) to, co vím, většinou nemá.
Momentálně používám Joplin. Jeho WYSIWYG je živě ostylovaný Markdown (má ještě vyloženě WYSIWYG režim bez Markdownu, ale ten má nějaká omezení a je to spíš betaverze). Je multiplatformní včetně mobilních OS, open source, synchronizaci lze řešit buď v něm (nastavením přístupu do WebDAV, Dropbox, OneDrive...), nebo si to jako soubory synchronizuje člověk sám. Ale je to čistě jen na textové poznámky s občasným obrázkem - neumí upomínky (aspoň ne bez pluginu), nenačmárám si tam schéma rukou, atd.
Poznámky (Notes) v MacOS jsou sice dostupné přes web (icloud.com), ale ten web mi přišel vždycky nějak nešikovný a přitom strašně nafouknutý.
Zajímavá alternativa taky může být nějaký mind-mapping program. Místo adresářové struktury se tam tvoří poznámky v podobě grafu, kde můžou být věci mezi sebou různě propojené a je vidět, co souvisí s čím. Jeden kolega v práci něco takového používá jako svou dokumentaci.
Apropo, je nutné, aby to byl FOSS? Taky jsou tu proprietární varianty jako OneNote, Evernote... Každý program je jiný a umí jiné věci jinak dobře.