Pokud hledáte nějaký nástroj nebo produkt, který přímo poskytne rozhraní pro zpracování dat v JSONu, podívejte se na Kibanu (Elasticsearch), Splunk nebo Tableau.
Pokud píšete vlastní aplikaci a to univerzální zpracování JSONů má být její funkcionalita, kterou uživatelům/zákazníkům dodáváte, tak použijte to, v čem takovou aplikaci dokážete vytvořit a udržovat. Třeba bude nakonec stačit Postgres a jeho json/jsonb.
Spíš bych ale doporučil udělat krok zpátky a od svých uživatelů posbírejte use casy a konkrétní požadavky a uvidíte, co je bude splňovat nejlépe. Spíš než o to, že půjde o JSONy, bych se zaměřil na to, jak budou data skutečně vypadat a jaké operace s nimi potřebujete podporovat. Podle toho možná najdete hotové řešení, které pracuje klidně s úplně jiným formátem nebo úložištěm, ale do kterého ale dokážete data z JSONu převést.