Osobne mám skúsenosti s používaním Bugzilla, Mantis, Jira, Youtrack, MQC.
Ako už bolo napísané, MQC, resp. dnes už HPQC nestojí za veľa, veľmi komplikované, padá, ...
Jira - musí sa nastaviť korektne, inak vie byť dosť dobrá.
Bugzilla - už trochu stará, chcelo by to upgrade.
Youtrack - pre mňa asi najlepšie, aj keď to je platené, resp. pre Opensource projekty je zadarmo. Používa tagy, ktoré umožňujú vertikálne aj horizontálne triedenie, čo považujem za veľké plus. Takisto ovládanie perfektné, dajú sa používať klávesové skratky, ...