Myslim, ze duvodem je, ze si pod svym uctem muzes spoustet procesy s pravy jinych uzivatelu (nejcasteji asi root - tomu jsou opravneni vsak sumak, ale muzou to byt i virtualniu uzivatele, napr games, user, atpd...), ktere berou data a konfiguraci vsak z tveho ~/. V nekterych pripadech (typicky desktopove, GUI aplikace) by jsi se s tim vrtal roky, nez by jsi nastavil prava jednotlivych souboru, ke kterym musi pristupovat aby mohli vubec fungovat. A dost casu by ti vubec zabralo nez by jsi potrebne soubory v tom bynci (jakym je linuxovy ~) vubec nasel.
Navic, driv opravdu uzivatele nebyli a nemuseli byt ani takovy paranoici. Bohate stacilo chmod go-x ~ A nikdo krom konkretniho usera (a roota) se tam bez pozvanky nedostal
Tak jako tak, neni zadny problem to zmenit a nastavit... restriktivnejsi pravidla: umask, chmod...