Jednak to importuješ celé v jednom vlákně (takže celkový výkon stroje téměř nevyužiješ), jednak před importem určitě nevypínáš kontroly na cizí klíče a unique checks, zkusil bych i vypnutí čekání na flush
set global innodb_flush_log_at_trx_commit=2
Takže stávající dump rozsekat na tabulky (vždy je to v pořadí create database, create table, inserty do table) a ty nalévat paralelně. + samozřejmě rychlé pole či SSD, ale to u tak velkého dumpu předpokládám.
A jak jsem psal, opravit zálohovací skript, aby nedělal takovéto obludy. Navíc se to snázeji pak zálohuje/deduplikuje, protože se řada tabulek (tj. souborů) mezi intervalem záloh určitě nemění.