Cache Apache se mi moc nezdá, není k tomu důvod, aby to držel někde explicitně nacacheované. Ale je možné, že drží otevřený soubor, a že ten editor ve Windows ve skutečnosti udělá to, že původní soubor smaže a zapíše nový se stejným názvem. Mělo by to být vidět v adresáři /proc příslušného procesu Apache – v podadresáři fd je seznam otevřených souborů, uvidíte, zda tam bude odkaz na ten váš soubor a případně zda bude označený jako deleted.