Ne, .local zcela určitě rozhodně v žádném případě ne.
Nativní doména Windows zcela JISTĚ ANO .local, z ní se budou sestavovat UPN pro uživatele. Nastavit doménu .cz jako Windows doménu je špatně, už jen kvůli DNS - prostě to nefunguje.
Doménu .cz nastavíte pouze jako akceptovanou internetovou doménu pro Exchange.
Lol Phirae si asi zaměnil Windows doménu s internetovou doménou - to se někdy v hovoru plete.
WS2016 + EX2016 funguje dobře, jen prosím pamatujte, že Microsoft najel na novou politiku (ne)verzování, takže máte nárok jen na ten release, který zrovna zakoupíte. Pokud chcete průběžné updaty, musíte využít Software Assurance, nebo přejít do některých O365 plánů, které zahrnují licenci On Premises.
Že musí být oddělená instalace DC od Exchange je jasné, jen bych ještě doporučil, aby data Exchange byly na úplně jiném raidu. Na Exchange db je obrovský tlak na IOPS, a pokud to není oddělené, je to ke vzteku.