sftp je opravdu často pomalejší, může za to podpora jeho shellu a nutnost parsovat a ošetřovat příkazy. Pokud je možné, scp je na přenos souborů mnooohem efektivnější, také je uzavřené v ssh, je možné ho i nakonfigurovat, aby bylo plně kompatibilní s chrootu u mod_sftp, ale s tím je poměrně dost opičáren s binárkami nebo kompilací.
sftp je ale při přenosu velkého množství malých souborů mnohonásobně efektivnější než ftp. Pokud jde o rychlost přenosu velkého souboru, není špatná volba třeba běžně dostupný rsync (opět nad ssh), umí poměrně hezky komprimovat, přenášet ve více kanálech a pokračovat v nedokončeném přenosu.