IDE, ne ID.
S aktualizacemi je to stejně jako u všech ostatních repozitářových programů. Pomocí apt-get update si stáhneš informace o dostupných nových verzích a pomocí apt-get upgrade, případně apt-get dist-upgrade (agresivnější dependency solver) provedeš aktualizaci těch, u kterých se zjistí, že je v repozitářích novější verze než jakou máš nainstalovanou.
Mega 2560 není žádná novinka, takže pokud to není něco fakt prehistorického (typu Debian oldstable, Ubuntu 12.04…), problém by neměl být v tomto.
V Soubor → Vlastnosti je zaškrtávátko pro zobrazení více informací při uploadu. Zaškrtni ho a přečti si, co se stalo.