Instalování softwaru ze zdrojového kódu nemá fungovat nijak standardně. Je to hodně nestandardní operace a dělá se podle postupu pro ten konkrétní software, případně ještě upraveného pro vaši distribuci.
Co se týče Javy, není dobrý nápad binárku přejmenovávat – spousta aplikací s tím pak nebude umět fungovat. Resp. bude vám to fungovat asi jen pro přímé spuštění Javy z příkazové řádky, pro nic jiného. Je běžné mít Javu nainstalovanou ve více verzích, třeba v IDE si pak v konfiguraci projektu vybíráte, které JDK se má použít. Pro přepínání toho, která Java se použije na příkazové řádce, se pak obvykle používá wrapper, který podle konfigurace proměnných prostředí (obvykle přímo JAVA_HOME) spouští tu správnou verzi Javy. Např. v Gentoo se pro to používá eselect (resp. existuje speciální příkaz java-config).