Marek: Já mám v httpd.conf toto:
# allow php files be handled by php only, so not readable as txt etc.
<FilesMatch "\.ph(p[2-6]?|tml)$"> # this equal to: .php, .php2, .php3, .php4, .php5, .php6 .phtml
SetHandler application/x-httpd-php5
</FilesMatch>
Pokud máš zapnuté allow override, tak by to mělo možná jít zadat i do .htaccess souboru v rootu web stránky
jsem lama, takže nic negarantuji )