- Server zvládne omezený počet požadavků v jeden moment a docházelo by pak k jeho zahlcování
Až něco takového začne být problém, můžeš to řešit. Do té doby je to zbytečná námaha. Navíc tihle boti obvykle negenerují takovou zátěž, aby ti to muselo vadit. Pokud by ti to vadilo, tak by to samo o sobě znamenalo, že máš ten server poddimenzovaný...
Zavedení věcí typu fail2ban zase můžou vést k tomu, že ti zbytečně narostou firewallová pravidla, což je horší než to, co chceš řešit.
Čili rada: Neřeš neexistující problémy

- Vytěžuje to jen díky blbému zapisování do logu, což i zbytečně plácá místo na disku
To je to samý - kolik místa na disku ti to zaplácne? Týdenní logy tak 10MB? Sere pes...
Jinak pokud by to byl problém, tak to musíš řešit nějakým komplexnějším řešením pro logování. To je dost obsáhlý téma, který by sis musel nastudovat...