Tak ať přes FTP nahrajou taky nějaký texťák s informací o spuštění. Pak si to přes bash nebo python nějak vyparsuj a vlož do /etc/cron.d tak aby tam nemohli dávat přímé příkazy.
Otázka 30 minut něco takového napsat, nepotřebuješ web, jenom vzor typu
*/5 * * *
a pak přes bash
cat /data/cron.* | cut -d " " -f 1,2,3,4,5 | sed -i 's/\1/\1 parsethisfile.sh' > /etc/cron.d/batches
To jen pro příklad, tohle asi nebude fungovat, jenom takovej nákres, jak to spatlat za pár minut...