Co se týče rozdílu velikostí, může to mít asi tak milion důvodů. Vzhledem k tomu, že jediné, co víme, je název programu, který byl použit pro kopírování, těžko některé z důvodů vyloučit. Mohou to být různé souborové systémy, různé konfigurace souborového systému, data mohou být jinak uložená (hardlinky, řídké soubory), mohou tam být soubory s jiným obsahem (na cílovém disku už něco bylo a rsync nebyl nastavený, aby to smazal, nějaké soubory se po zkopírování změnily nebo smazaly na zdrojovém disku)...
Pokud tazatele zajímá důvod, proč jsou velikosti rozdílné, bude asi muset prozradit další informace. Bylo by vhodné taky zjistit, jestli se velikostí liší "vše", nebo jestli se postupným porovnáním jednotlivých podadresářů nedí ukázat na jedno místo, které způsobuje ten rozdíl.