Myslím, že to smysl nemá, ale neznám Minecraft tak dobře. Budu spekulovat:
* Aplikace může mít nějaké nativní součásti, které jsou specifické pro konkrétní OS. Pokud by byly špatně napsané ve verzi pro Linux a verze pro Windows by naopak jela dobře i pod Wine.
* Teoreticky může být podobný problém i v Javě, ale pochybuju. Tady bych se vsadil, že Wine spíš problémy přinese, než vyřeší.
* Najdou se případy, kdy aplikace pod Wine jede rychleji než nativní aplikace pod Liinuxem. Kdysi to někdo naměřil v nějakém benchmarku ve Firefoxu.
* Argumentovat Oracle Javou bude nejspíš mimo. Pokud to pod OpenJDK nejede na Linuxu, nejspíš to pod OpenJDK nepojede ani na Windows - a Oracle Javě se člověk nevyhne.
* Může jít o rozdíl mezi režimem client (rychlý start) a server (rychlý běh, když aplikace bšží dlouho, za cenu pomalejšího startu a nižšího výkonu ihned po startu). Vtip je v tom, že 64b Java (aspoň Oracle Java a patrně i OpenJDK) neumí režim client. Takže možná na Windows používal 32b verzi (s režimem client a tedy rychlejším startem).
* Po instalaci Javy se hodí spustit jeden příkaz, který umožní použít tzv.
Class data sharing. (V Javě 5 to bylo ale určeno pouze pro režim client a jen pro sériový GC. Ke změně patrně nedošlo.) Na Windows se o to stará instalátor, na Linuxu by se měly starat skripty v balíčcích. Jenže praxe může být jiná. Když se na to zapomene, Java bude fungovat, jen to bude v režimu client startovat pomaleji a žrát více paměti.
* A samozřejmě to může být neznalost uživatele, tkerý nevěděl, že existuje verze pro Linux.