Zdarec,
problémů tam může být hned několik:
1. Práva
2. PHP přes Apache má jinou konfiguraci než přes CLI
3. Zkontroluj také v PHP disable_functions, zda nejsou systémové funkce vypnuté
4. Zkontroluj open_basedir, zda tam vůbec přes PHP můžeš do té složky
5. Pokud spoustíš nějakou binárku z /usr/bin, /var/lib, atp., je možný že to bude chtít, aby jsi měl nastavenou proměnnou HOME
...
...
Jak bych to řešil já:
1. Logy - /var/log/syslog, /var/log/messages, /var/log/audit.log, /var/log/apache2/error_log (a další dle virtual hostu např.)
2. Přihlaš se jako www-data uživatel (pokud má povolený login a svůj home dir) a zkus pustit ten skript za něj a ono ti to už něco napíše.