Krátce: Není.
Dlouze: Před pár lety, v dobách 3.0 vs 2.5, opravdu platilo, že 3 byla obecně pomalejší než 2, ale nijak zvlášť citelně. Nyní je důležité, že verze 3 se stále ještě vyvíjí, kdežto 2 už moc ne. Poslední major verze 2.7 je z roku tuším 2010, od té doby bylo několik minoritních releasů, ale bez velkých změn. V Python 3 je pár jazykových konstrukcí, které jsou jiné a pokud je použiješ stejně jako v 2, můžeš napsat ve výsledku pomalejší kód - např. map/zip vrací generátor, ne seznam a tím se u kratších kolekcí může projevit vyšší overhead (na druhou stranu můžeš pracovat s nekonečnými kolekcemi a nezapráskat paměť).
A i kdysi to zpomalení nebylo nijak citelné - chceš-li napsat větší aplikaci, která poběží rychle, sáhni po něčem jiném. Síla Pythonu je jinde.