no jestli mas ext3, tak bych zkusil pridat mount parametr noatime
a pak jeste pridat dir_index (jestli ho jeste nemas), je potreba toto udelat na nenamountovanym fs:
tune2fs -O dir_index /dev/hda1
e2fsck -f -y -D /dev/hda1
pripadne taky e2fsck na konci napise nec jako (14.8% non-contiguous), jestli cislo bude vysoky, tak je hodne souboru fragmentovanych, tak by se s tim asi melo neco udelat; nejjednoduzsi je zalohovat, formatovat, restaurovat anebo neco jako
http://vleu.net/shake/anebo pouzivat xfs, kteryzto umi defragmentovat online pomoci xfs_fsr