Asi máš trochu mylnou představu, že s těmi věcmi, které zmiňuješ, je to jako u těch sítí - že http je prostě
nad tcp. Pokud hledáš takovéhle vztahy, tak ty tam nejsou (resp. ne u těch pojmů, které zmiňuješ).
V základu je to tak, že máš XWindows server (aka X11, Xorg, XFree86) který dostává povely od aplikací a podle těch povelů něco zobrazuje. Všechno ostatní jsou jenom aplikace (některé trochu "privilegované", ale to je detail). To jsou jediné vrstvy, které tam při takhle vysokoúrovňovém pohledu jsou.
No a jedna z těch aplikací je tzv. window manager, který různě šibuje s oknama jiných aplikací. Další aplikace je třeba nějaký panel nástrojů (dole, nahoře, naboku...) a ještě další aplikace je třeba textový editor Kate.
Existují jakési "balíčky"/shluky/funkčně provázané konglomeráty aplikací, kterým se říká "desktopové prostředí" - Gnome, KDE, XFCE, ... Ale pořád to jsou jenom samostatné aplikace. Pokud víš, jak na to, můžeš si vzít jeden panel z Gnome, druhý panel z KDE a window manager z XFCE. Nebo můžeš mít puštěný Kate úplně bez čehokoli jiného, i bez window manageru.
To, že něco nejde jak říkáš "podložit" něčím jiným, je obvykle proto, že ti na jednom X-serveru může běžet jenom jeden window manager. Takže pokud ty dvě aplikace obě plní roli window manageru, tak prostě nejdou spustit zaráz. Jinak se lae fantazii meze nekladou.
Když to shrnu, není žádne KDE, které by běželo
nad KWin. Můžeš si klidně spustit KDE a KWin sestřelit. Zůstanou ti okna bez okrajů a titulků a nebudeš s nima moct pohybovat, ale ty aplikace běží dál (resp. tohle je stav, který byl kdysi, dneska už je to asi tak provázané, že to stejně popadá všechno