Čas v BIOSu s tím nemá co dělat. Ten se načítá jen při startu systému, pak si jádro udržuje svůj čas. Takže pokud je BIOS mimo, může být problém při startu, ale podle ntpdate je čas v pořádku.
Mimochodem: k nastavování hodin v BIOSu slouží utilita hwclock. Pokud vám běží stejnojmenný démon, pak se hodiny reálného času v BIOSu seřizují samy, aby po příštím zapnutí vše běželo s co nejmenší odchylkou. Tu si pak ideálně doladí ntpd.