To nie je chyba, ale vlastnost.
Pre EFI boot sa do nvram zapisuju jednotlive bootovacie polozky. Ked to vymazes, tak EFI nevie, odkial ma nabootovat. Ak bootujes v BIOS mode, tak sa nacita sektor 0, a ak obsahuje magicke cisielko, spusti sa a vykonava sa dalej ten kod (so vsetkymi obmedzeniami, ktore z toho plynu).
Pri instalacii Debianu sa ti po nainstalovani grub-efi aj prida bootovacia polozka do nvram. Reset nvram vobec nevadi, len ked tu nvram vymazes, tak EFI skratka nevie, kde sa nachadza bootloader :-)
Neviem, ako sa da dostat do EFI na Mac Mini, tam by sa mohol dat spustit EFI zavadzac Debianu manualne (a ked uz nabootujes do systemu, tak install-grub by mal znova pridat polozku do nvram). Pripadne by si mohol skusit spustit EFI-shell vo verzii 2, tam sa to da pridat manualne. Nie vsetky EFI to podporuju (netusim ako Mac Mini), ak ano, tak EFI-shell musi byt nakopirovany v roote EFI System Partition. Nejake info najdes tu:
http://www.rodsbooks.com/refind/installing.html#efishell, ale je to informacia k niecomu inemu, tak to neber doslovne (ale je tam syntax prikazu bcfg, ktorym pridas novu polozku). Inak ten rEFInd je boot manager pre EFI a pocita aj s Mac-om, takze ten by snad fungovat mohol (ale ak mas na tom stroji len Debian, tak je taky sofistikovany boot manager zbytocny).
No a este by snad malo ist nabootovat nejake liveCD a odtial spustit utilitku efibootmgr (ale treba to CD nabootovat v EFI mode, nie v BIOS mode). Najnovsie SystemRescueCD to vie.