No pořád tu je pár nejasností, ale co nadělám.
Zkus třeba něco takového (řetězce ohraničené znaky <> nahraď za správné hodnoty):
/home/<jmeno-uzivatele>/.config/autostart/lxterminal-app.desktop:
[Desktop Entry]
Type=Application
Exec=lxterminal -e /home/<jmeno-uzivatele>/lxterminal-app.sh
/home/<jmeno-uzivatele>/lxterminal-app.sh:
#!/bin/bash
gpio load spi
<absolutni-cesta>/Desktop/app
A udělej soubor /home/<jmeno-uzivatele>/lxterminal-app.sh spustitelný. Např příkazem:
chmod a+x /home/<jmeno-uzivatele>/lxterminal-app.sh