Díky za odpovědi. I když jsem tak trochu doufal v něco jiného
.
Doufal jsi právem, ony ty odpovědi jsou minimálně trochu diskutabilní

1. V podstatě ne. Teoreticky, pokud se s tím chceš hodně s*, tak klidně můžeš místo /usr/share/program mít symlink někam na ten plotnový disk nebo mountovat přes fstab.
To přeci není žádné sraní. Pokud mám distribuci, která mi např. celé Gnome instaluje do /opt/gnome, tak to je jeden symlink, který nemá na updaty prakticky žádný vliv (protože ten kořenový /opt/gnome pravděpodobně nikdo nikdy mazat nebude).
...čímž se mimochodem dostáváme k tomu, že [rýpací mód on]kdyby lidi kolem linuxu nebyli takoví frikulíni, tak by normálně fungovalo mountování /usr až po startu, že... No ale bylo mi zeširoka vysvětleno, že to prý v dnešní moderní době není potřeba. No tak není no

[rýpací mód off]
2. To trochu souvisí s první otázkou. Pokud mám nějaký program, který si chci nainstalovat (je v repozitáři), ale nechci s tím zadělávat celý systém (chtěl bych si ho nainstalovat někam do home a později ho smazat). Je nějaká taková možnost? Kompilaci neuvažuju, protože to typicky znamená zároveň instalovat tuny dev balíčků a to už pak celá ta procedura trochu ztrácí smysl.
Zkus nám to vysvětlit jako tříletému dítěti. Ptáš se na tohle? "Chci aby software fungoval jinak, než jak ho zkompiloval autor, ale zároveň program nechci kompilovat"? Na první pohled stupidní otázka
...ale ne zas tak moc. Samozřejmě to jde. Na unixech jde všechno

Ale pokud nevíš, jak na to, tak to nedělej, stoprocentně si přiděláš víc problémů než kolik ti to přinese užitku.
Něco podobného Windowsímu Sandboxie ( http://www.sandboxie.com/ ). [...] Měl jsem na mysli, jesti prostě neexistuje nějaká možnost sandboxu pro aplikaci, abych jí odstínil od zbytku systému.
Definuj "něco podobného". Samozřejmě existují různé způsoby, jak udělat sandbox. Je jich asi tak tisíc. Např. můžeš mít layered fs. Nebo chroot. Nebo jail. Nebo paravirtualizaci. Nebo hodinky s vodotryskem

Tady ale platí to samý - pokud to neumíš udělat ručně (a někdo ti neporadí totálně BFU nástroj), tak to nedělej. Až se naučíš unixoidní OS používat tak, jak ho radí používat manuál, pak teprve se pouštěj do toho, že ho budeš nějak fantasmagoricky ohýbat.
A hlavní rada: běžné použití Linuxu nevyžaduje sandbox. "Něco jako Sandboxie" na unixovém systému prostě při jeho obvyklém použití není potřeba. Na unixových systémech není zvykem, že by programy mírnyxtýrnyx kdesi v jakýchsi neviditelných registrech trousily jakýsi odpad. Pokud programy korektně instaluješ a korektně odistaluješ, nemáš co řešit. Maximálně můžeš udělat to, že program spustíš pod jiným uživatelem, než je tvůj běžný účet pro práci. V unixoidních systémech prostě problém "zapíše do registrů kam je libo" de facto neexistuje, proto taky nejsou potřeba frikulínské nástroje pro jeho řešení.
3. Jde nějak zjistit, které konfiguráky v home patří k jakému programu? jsou tam pravděpodobně složky, které už dávno nejsou používané a pravděpodobně už ani nikdy nebudou (programy, které jsem si nainstaloval na zkoušku a pak smazal). Začíná jich být celkem hodně.
Co o tomto problému říká manuál OS, který používáš? Jak je tam popsaná práce balíčkovacího systému s konfiguračními soubory? Čekáš, že hnedka, jak uvidíme "Miki", budeme vědět, že se ptáš na to, jak konfiguráky řeší Centos 6?

1. hmm, to je pech... proč nemá Linux něco jak Windowsy "C:/Program Files", "D:/Program Files"... (spíš řečnická otázka, tohle by asi stejně vedlo na nějaký flame :-D)
No asi tak ze stejného důvodu jako proč Windowsy nemají /dev/bpf

Ano, máš pravdu, je to hloupá otázka. Pokud ti vyhovuje způsob, jakým mají FS rozvržený Windows (například tisíce souborů bez ladu a skladu totálně neprůhledně naházené do kontinuálně bobtnajícího C:\Windows), tak prostě používej Windows! Přesně tak snadné to je
3. Jo... uznávám, že tohle je asi tak trochu moje úchylka, ale mám prostě rád na disku uklizeno a vadí mi, že když dám `LL`, tak se ukáže seznam složek na dvě stránky s tím, že vlastně polovina tam už nejspíš být vůbec nemusí...
Zkusím to ještě polopatičtěji: program, který není spuštěný pod rootem, může zapisovat jenom na přesně definovaná místa. Obvykle jenom do ~user (domovská složka uživatele, který program spustil), /tmp a /var/tmp. Nikde jinde prostě nic program trousit nemůže.
Oba dva tmp se obvykle pravidelně mažou, čili na ty zapomeň. A zbyde ti jenom ~user. Čili si vytvoř uživatele "tester", vyzkoušej si pod ním program, a potom jeho home smaž. Voilá! Máme "něco jako Sandboxie"

Jediný problém je s pouštěním programů, které vyžadují rootovská oprávnění. Ty si musíš zkoušet ve fikanějším sandboxu. Ideální je na to virtální mašinam, to je taky "něco jako Sandboxie"

Jak to? Já bral SSD především jako urychlení načítání kernelu a často používaných programů. K čemu by mi bylo SSD pro filmy/hudbu/cokoli-co-mám-v-home? Tam ta rychlost čtení moc podstatná není, ne?
Pokud máš dostatek paměti, tak ty často používané programy máš stejně v cache. A s kernelem si nemusíš dělat starost, ten se stejně z disku načítá jednou pro vždy při startu
