Kompilovat javovské třídy ručně je jako kopat příkop lžící. Jako jo, jde to, ale nejspíš při tom umřeš vyčerpáním. Tím, že budeš bušit "javac xyz.java" do konzole, kopírovat class soubory sem a tam, balit do to zipu a nahrávat ručně do tomcatu, se principy vývoje JEE aplikací fakt nenaučíš. Proto existují IDE a nástroje, které tenhle infrastrukturní opruz vyřeší za tebe, a ty se můžeš věnovat tomu důležitému.

Při instalaci se tě NetBeans, zeptají, jestli chceš nainstalovat i Tomcat a GlassFish. Pokud už je někde máš, tak není třeba je instalovat znova. Ony ho NB stejně nainstalují samostatně, jako bys ho stáhl ručně, a jenom si automaticky k němu nastaví cestu. To můžeš jednoduše udělat kdykoliv sám - v levém panelu máš záložky Projects, Files a Services - pod Services je položka Servers, na to klikneš pravým a vybereš Add Server.
Porty neřeš, vždycky ti poběží jenom jeden web server.