Jestli tomu správně rozumím, tak neumíš pořádně Javu ani PHP, nemáš zmáklé ani jedno existující CMS a chceš vyvíjet nové?
To by byl zřejmě produkt roku...
Myslím, že tomu rozumíš velmi správně

Možná v Javě dělá, ale nejspíš to bude Java SE pro desktop, viděl bych to na nějaké propracovanější Hello Word možná i s přístupem do DB, ale určitě nic na web. Vlastní CMS může být pro začínajícího programátora v PHP jednodušší, než studium komplexních frameworků, některé nabobtnaly do blobů, které připomínají oživlou Kaplického knihovnu požírající město.
Pokud se bavíme o CMS jako o systému zajišťujícím přihlášení a napojení do DB, kdy to je schopné uložit nebo načíst článek, pak to je věc, kterou jsem nedávno v PHP udělal za jeden víkend. Tedy asi rychleji, než bych se naučil ZEND.Hotové Frameworky mají své výhody i nevýhody.Výhody jsou zjevné, například je kupa práce hotová, člověk je vedený za ručičku a udělá to dobře.
Na druhou stranu se uvnitř podobných frameworků objevují bezpečnostních chyby.
A priori není vlastní aplikačka více bezpečná než aplikačka postavená nad frameworkem, především pokud jí píše noobík programátor.
A posteriori je vlastní aplikačka více bezpečná z toho pohledu, že aplikačka postavená nad frameworkem vyžaduje hlídání a pravidelné bezpečnostní updaty toho frameworku, protože vznikají automatizované nástroje, které testují bezpečnostní chyby.
Tedy může být bezpečnější vlastní aplikačka kterou se nikdo nebude nikdy zabývat, než aplikačka postavená na jádru s bezpečnostní dírou, kterou někdo najde a pomocí automatizovaného nástroje projede určité vytipované weby.
Ono je to vidět i v realitě, noob programátoři si obvykle výhradně píší "vlastní CMSka" ve formě jednoduchého konektoru do DB třeba i bez modelu MVC resp. výhradně používají model PMNANTF "právě mě napadlo a náhodou to funguje".
Nebo na to jdou z druhé strany a nejprve provádí malinké úpravy stávajících systémů.
Zkušenější programátoři často používají hotové frameworky.
Pokud se ale jedná o velké projekty, velice často se vytváří vlastní komplexní systémy i třeba z důvodů, aby se uvnitř nikdo nemohl hrabat.