Pokud myslíte to ZFO z datových schránek, to je standardní elektronicky podepsaná zpráva ve formátu PKCS7. Uvnitř je pak XML soubor ve stejném formátu, jako když si stáhnete zprávu nepodepsanou (akorát jsou tam myslím jiné jmenné prostory). Zkuste se zaměřit na knihovny pro elektronický podpis e-mailů, PKCS7 a S/MIME jsou příbuzné formáty.
Původní ZFO je formát 602XMLFilleru, je to gzipem zazipovaný FO soubor s rozšířeními, který popisuje šestsetdvojkový formulář. S tím ale snad nebudete potřebovat pracovat.
Jediné rozumné vysvětlení, proč i to první (kontejner PKCS7) má příponu .zfo, které mne napadá, je to, že s .zfo už byl 602XMLFiller ve Windows asociovaný, a šestsetdvojka z nějakého důvodu nechtěla přidávat asociaci na další příponu souboru.