Osobně jsem si na tohle kdysi napsal nějaký shellový skript, ale zřejmě už dávno odešel do /dev/null. Každopádně mi nepřijde jako dobrý nápad přímo mazat - bezpečnější udělat seznam souborů, z kterých jeden nebo více vyberete k zachování a zbytek se smaže/nahradí symlinky.
Ta manuální kontrola, ač pomalá, se rozhodně vyplatí, protože některý soubor můžete mít duplikovaný úmyslně (nebo může jít i o náhodnou shodu) a smazat si takhle nějaký zdroják rozhodně není příjemná věc.