Verze směrem nahoru nevadí, umí si je to zkonvertovat. Jinak by nebylo možné vůbec aktualizovat.
Co přesně kopíruješ a kam? Je třeba zkopírovat celý adresář ~/.thunderbird. V něm je soubor profiles.ini, ve kterém jsou uvedené cesty k profilům. Ty mají podobu dalších podadresářů s náhodně vygenerovaným názvem. Zkontroluj, jestli ti sedí cesta k tomu adresáři. Má tvar Path=název. Zkontroluj taky, jestli vůbec uživatel má práva k těm adresářům a souborům. Špatně udělaným přemístěním mezi systémy se mohlo stát, že vlastníkem je teď někdo jiný.