Jedním příkazem to, obávám se, udělat nepůjde.

Fsck při startu se obvykle dělá preventivně při určitém počtu připojení a/nebo uběhnutí dostatečně dlouhé doby (co přijde dřív...).
Informace o tom získáš z:
tune2fs -l /dev/sdaX
Z požadovaných hodnot (Mount count a Last checked) si podmínkou ověříš, jestli je čas na kontrolu a pokud jo, tak disk odpojíš a spustíš fsck s takovými parametry, které se hodí na to, co potřebuješ. Teoreticky si můžeš udělat i víc úrovní kontrol, třeba preventivně jednou měsíčně a jednou ročně hlubší kontrolu...
Pokud by byl oddíl blbě odpojen a mohl být poškozen, tak by to IMHO měl mount zahlásit a skončit s chybou bez provedení mountu (ale jistý si tím nejsem) - nicméně, jestli připojuješ automaticky přes fstab, tak tahle kontrola stejně proběhne při startu, ať chceš, nebo ne...