Aby se to instalovalo tam, kam ma - napriklad /etc/ ?
Ono to prave
je tam, kde to byt ma

FreeBSD jako takové je jenom základní systém. Balicky (porty) jsou potom chapany jako software tretich stran, za ktery ruci jejich dodavatel a ne FreeBSD. Porty jsou jenom zpusob, jak usnadnit instalaci software tretich stran.
No a software, ktery nepatri k systemu, se instaluje do prefixu /usr/local, stejne jako kdyz neco instalujes rucne (make config, ....).
Ze zacatku to pro cloveka z Linuxu pusobi trochu otravne, ale ma to vyznamne vyhody - napr. treba kdyz smazes vsechny balicky, muzes se kouknout, jestli po nich v /usr/local nezbyl nejaky balast.
Dalsi vec je, ze ve FreeBSD je poradek v tom, co kde je, aby bylo mozne napr. /usr mountovat pres nfs, snadno vytvaret bezdiskove stanice apod. - viz hier(7) a treba
http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/network-diskless.htmlTakze nedoporucuju se snazit jakkoli ten system zmenit, on ma svuj dobry duvod.