Dík za tipy, ale to je přesně to co nechci. Video je v H264, takže už ho v MPEG4 AVC mám a necítím potřebu, ho převádět do něčeho jiného. Jediné co hledám, je program pro Linux, který mi ten transport stream načte, ořeže mi to s přesností na snímky a znovu encoduje maximálně začátek a konec okolo keyframes a následně to celé uloží do rozumnějšího kontejneru, ideálně do MKV.