Nedočetl jsem se důležitou informaci: máte důvod se domnívat, že ten VMware (hypervizor) má správný čas?
Díval jste se? Bere si ho odněkud přes NTP?
Dál bych zkoumal, zda nemám náhodou povolené dva (či více) mechanismy, aby mi konfigurovaly čas v guest-side OS.
Servisky dolaďující čas toto obvykle činí dolaďováním rychlosti běhu (="frekvence") softwarové časové základny. Pokud se začnou dvě různé zpětnovazební smyčky "pravidelně přetahovat o kormidlo", můžou být výsledky zajímavé.
Nebo jedna smyčka dolaďuje frekvenci, a druhý kousek softwaru dolaďuje periodicky skokem na chybný čas...
Doladění skokem je z hlediska best practices v oboru časomíry nešťastné řešení, ale při velkém rozdílu asi jediné správné.
Tzn. zatím by se hypoteticky mohlo jednat o soupeření mezi nativní MS serviskou w32time (která může brát buď NTP, nebo páchá zmíněný "Secure Time Seeding" ze SSL), vs. VMware Tools.
Kromě toho si guest OS při startu bere čas z emulovaného RTC, jak už tu správně psal Filip Jirsák.
Vrtá mi hlavou, jestli Vám tam běží nějaký další nespecifikovaný software, zda se třeba nesnaží ještě taky po svém zasahovat do systémového času - to už je na Vás.
Dále, pokud by se stalo, že daný VM guest je v nějakých časových periodách držen hodně zkrátka co do přístupu ke strojovému času hostitelova CPU, takže mu softwarová časová základna běží pomaleji, než si třeba v lepších časech nakalibroval, velmi teoreticky by to taky mohlo vést k následným skokovým korekcím...
Neznám VMware. Třeba KVM+QEMU umí guestovi exportovat emulované fyzické hodiny "PHC", pro které je tuším guest-side virtio ovladač. Následně linuxový guest umí toto "autoritativní PHC" využít k doladění své softwarové časové základny, asi by podle toho uměl běžet i ntpd v guestově OS apod. Windows jsou v této oblasti za linuxovým světem vývojově pozadu, ale postupně to zaostávání dotahují. Nedávno přibyla podpora PTP (konkrétní profile), tuším i zárodek podpory pro HW timestamping v síťových kartách, nevím jak obecnější podpora PHC.