Je možné, že při překotném tempu změn nových desktopových distribucí někdo zapoměl na volání alsactl restore při startu, bývalo to v init.d skriptech alsy, dnes už to možná ani v distribucích neexistuje.
Nejspolehlivější je v některém ze startup skriptů (v debianu/ubuntu /etc/rc.local) zavolat amixer s parametry, kterými si nastavíš mixer, jak budeš potřebovat. Jako identifikaci karty v parametru -c amixeru nedávej číslo, to se může změnit, ale název zvukovky (zjistíš v aplay -l). Chce to tomu chvilku věnovat, otestovat a pak to bude držet nafurt.