Linuxové domény jsem nikdy nedělal a windows jen trochu, ale pokud jsem pochopil požadavek na obecné omezení přístupu, tak na windows bych to asi řešil na úrovni oprávnění k adresáři s daným programem + skript, který přidá na plochu ikony pro dostupné programy, pokud nějaká chybí - a v linuxu to určitě půjde řešit obdobně (skupina pro každý program, právo na spuštění jen na skupinu).
Pokud jde o to, aby programy byly jen na serveru a pouštěly se vzdáleně - tady by snad neměl být rozdíl.
Ale moc do této problematiky nevidím, možná říkám blbosti.