Ano, je tam zmatek v řetězci certifikátů, viz výpis z OpenSSL:
Certificate chain
 0 s:CN = mirror-r-01.nic.cz
   i:C = US, O = Let's Encrypt, CN = R3
 1 s:CN = mirror-r-01.nic.cz
   i:C = US, O = Let's Encrypt, CN = R3
 2 s:C = US, O = Let's Encrypt, CN = R3
   i:C = US, O = Internet Security Research Group, CN = ISRG Root X1
 3 s:C = US, O = Internet Security Research Group, CN = ISRG Root X1
   i:O = Digital Signature Trust Co., CN = DST Root CA X3
 4 s:C = US, O = Let's Encrypt, CN = R3
   i:C = US, O = Internet Security Research Group, CN = ISRG Root X1
Certifikáty číslo 0 a 4 tam být nemají. Poslal jsem to e-mailem na podporu CZ.NIC. Když už ten problém trvá pár měsíců, rychlost e-mailu by měla stačit :-)